Nhiều di tích khai quật được trong giai đoạn này cho thấy thời kỳ đầu và trung kỳ Jomon đã diễn ra một sự bùng nổ về dân số. Hai thời kỳ này tương ứng với thời tiền sử Holocene Climatic Optimum (từ 4000 đến 2000 TCN) khi nhiệt độ cao hơn bây giờ vài độ C và mực nước biển cao hơn từ 2 đến 3 mét. Những di chỉ đồ gốm mang tính nghệ thuật cao, như các bình gốm nung lửa có trang trí, được tìm thấy trong gian đoạn này.[9] Sau năm 1500 TCN, thời tiết trở nên lạnh hơn và dân số có lẽ đã giảm xuống nhanh chóng bởi lẽ người ta tìm thấy ít di chỉ khảo cổ tương ứng với giai đoạn 1500 năm TCN hơn nhiều so với trước đó.

Vào cuối thời Jomon, theo nghiên cứu khảo cổ học, một thay đổi quan trọng đã diễn ra. Các hình thức nông nghiệp sơ khai đã phát triển thành việc canh tác trên các ruộng lúa và xuất hiện sự kiểm soát của chính quyền. Rất nhiều nhân tố văn hóa Nhật Bản có thể khởi nguồn từ thời kỳ này và phản ánh lại những cuộc di cư từ phía nam lục địa châu Á và phía nam Thái Bình Dương. Trong những nhân tố này có các truyền thuyết về Thần đạo, các tục lệ hôn nhân, các phong cách kiến trúc và những phát triển về kỹ thuật như đồ sơn mài, những cây cung được kéo mỏng, kỹ thuật chế tác đồ kim loại và đồ thủy tinh.

Những giai đoạn chính

Jomon thời kỳ đầu (4000 – 3000 TCN)

• Hạ Hanazumi;
• Sekiyama;
• Kurohama;
• Morois;
• Juusanbodai.

Trung kỳ Jomon (3000 – 2000 TCN)

• Katsusaka/Otamadai;
• Kasori E1;
• Kasori E2.

Hậu kỳ Jomon (2000 – 1000 TCN)

• Shyomyouji;
• Horinouchi;
• Kasori B1;
• Kasori B2;
• Angyo 1.

Cuối thời Jomon (1000 – 400 TCN)

• Angyo 2;
• Angyo 3.